한메타자연습 다운로드

이 파이프라인은 유전자 찾아내고는 및 다른 하류 분석을 허용 하기 위하여 충분히 긴 지역 사회에서 존재 하는 유기 체의 재건 조각에 “매우 좋은 집합” 적당 한 시도를 생성 하기 위하여 이용 된다. 이 버전의 파이프라인에서는 soapdenovo v. 1.04을 사용 합니다. hmp 전체-metagome 어셈블리 프로토콜 파이프라인에 대 한 자세한 설명을 제공 합니다. 이 연습에서는 hmp 앞쪽 nares 본문 사이트의 샘플을 사용 합니다. 초기 hmp 연습은 클라우드 컴퓨팅 플랫폼에 대 한 선택적인 지원이 있는 강력 하 고 사용자 친화적 이며 완전 자동화 된 소프트웨어 패키지에 최첨단 게놈 도구를 통합 한 데스크톱 응용 프로그램 clovr을 활용 합니다. clovr 휴대용 가상 머신을 바탕 화면이 나 vm 웨어 또는 버추얼 아래의 노트북에서 시작으로 배포 됩니다. 이 연습을 위해, 우리는 앞쪽에 nares 바디 사이트 (샘플 SRS019215)에서 유전자를 사용 합니다. 이 연습에서는 hmp illuminina wgs 읽기-샘플 SRS018671의 샘플 데이터 집합을 사용 합니다.

현재 연습에 대 한 질문이 있거나 추가 연습을 제안 하거나, 피드백을 제공 하거나, 향후 연습의 베타 테스트에 참여 하려는 경우 피드백 양식을 통해 문의 하십시오. 이 연습에서는 웹 브라우저에서 액세스할 수 있는 clovr 대시보드를 사용 하 여 bowtie aligner를 설정 및 실행 하는 방법에 대 한 간단한 예제를 제공 하며 결과 출력을 분석 합니다. 우리는 참조 게놈 포도 상 구 균에 전방 nares 몸 위치 (견본 SRS019215)에서, 추출 된 읽는다 metagomic wgs를 맞출 것 이다. 이 연습에서는 12 개의 하드 구개에서 추출한 커뮤니티와 12 개의 부착 된 keratinized 잇 몸 구강 사이트를 나타내는 hmp 16s rrna 시퀀스를 사용 합니다. 이 파이프라인은 ncbi bmtagger (제일 성 냥 tagger) 공구를 식별 하 고 제거 하기 위하여 사용 한다 인간 읽는다 metagomic 순서에서. 이 연습을 위해, 우리는 인간의 오염 물질의 50:50 믹스로 구성 되어 모의 데이터 집합을 사용-hmp 프로젝트에서 판독 및 필터링 인간 1000 게놈 프로젝트에서 읽습니다. 이 연습은 hmp wgs를 사용 하 여 중간 질 및 질 introitus 사이트에서 추출한 미생물 커뮤니티를 나타내는 읽습니다. 인간 장 microbiome의 연구에 많은 도전이 있다, 그들 가운데 un왜곡 하 고 대표적인 샘플을 취득 하 고 어떻게 un특성화, 겉보기의 발견을 위한 첨단 기술을 결정으로 실질적인 문제를 해결 unreculable, 그리고 저조한 표현 미생물 작은 샘플 크기에 적용할 수 있습니다. 그러나, 날짜를 연구도 저 승 세척 표준 대 장 내 시경을 위한 콜론을 준비 하는 데 사용 되는 크게 dilutes 인식 하 고 장 microbime 왜곡 실패 했습니다. 더욱, 인간적 인 장 미생물의 우리의 지식은 크게 점 막 관련 된 박테리아의 주거와 지리적으로 특정 한 지역 사회를 충분히 대표자이 지 않을지도 모른다 대변과 luminal 견본의 분석에 몹시 근거한 다. 이런 맥락에서, 주인에 그들의 가까운 근접을 촉진 하는 특별 한 조건적 이거나 자치 단체 재산이 있는 소설과 underpresented 종에는 놓쳐 질 것 같다. 이 유기 체는 인간적 인 건강 및 질병에 직접적인 방위가 있을 것 같다.

그들의 구성과 지역 사회 조직의 지역 차이는 또한 인간의 장 microbime을 공부 할 때에 고려 되어야 합니다. 이 제안에서 이러한 문제는 궁극적으로 게놈 시퀀싱 및 이전에 상당한 숫자의 metagomic 분석을 촉진 합니다 새롭고 향상 된 비 재배 기반 기술 개발에 고려 될 것입니다 인간 장 microbime의 특징이 없는 일원. 우리는 준비 되지 않은 인간의 결 장 내에서 그들의 자연적인 상태에 관련 미생물 점 막의 지역 특정 샘플을 구하는 제안 합니다.